Le microbiote intestinal correspond à l’ensemble des micro-organismes vivant dans le tube digestif du cheval.
Il est principalement situé dans le cæcum et le gros côlon.
Ces micro-organismes sont indispensables à la digestion des fibres. Sans eux, le cheval ne pourrait pas utiliser correctement le foin et l’herbe comme sources d’énergie.
Comment fonctionne le système digestif du cheval ?
Le cheval est un herbivore monogastrique. Il possède:
- un estomac de petite taille
- un intestin grêle
- un cæcum volumineux
- un gros colon très développé
La digestion se déroule en deux grandes étapes:
1- dans l’intestin grêle
Les enzymes digestives dégradent:
- Les protéines
- Les graisses
- Une partie de l’amidon
2- dans le cæcum et le gros côlon
Les micro-organismes fermentent les fibres végétales (cellulose, hémicellulose)
Le cheval ne produit pas lui-même les enzymes capables de digérer la cellulose. Il dépend donc totalement de son microbiote. Les bactéries dégradent la cellulose, produisent des molécules énergétiques pour que le cheval puisse absorber cette énergie.

De quoi est composé le microbiote ?
Le microbiote équin comprend:
- Des bactéries (majoritaires)
- Des protozoaires
- Des champignons anaérobies
- Des archées
Chaque groupe a une fonction spécifique. Certaines bactéries dégradent les fibres longues. D’autres utilisent les sucres ou l’amidon résiduel.
Il s’agit d’un écosystème organisé. L’équilibre entre ces populations est essentiel pour maintenir une digestion stable.
La fermentation: principale source d’énergie

Lorsque les micro-organismes fermentent les fibres, ils produisent des acides gras volatils (AGV).
Les principaux sont:
- l’acétate
- le propionate
- le butyrate
Ces molécules sont absorbées à travers la paroi intestinale et utilisées comme source d’énergie.
On estime que 60 à 70% de l’énergie quotidienne du cheval provient de cette fermentation.
Un microbiote stable permet une production régulière d’énergie.
Un microbiote déséquilibré peut entraîner des variations digestives et métaboliques.
Qu’est ce que le dysbiose ?
Le dysbiose correspond à une modification anormale du microbiote.
Elle peut survenir lors :
- D’un changement alimentaire trop rapide
- D’un apport excessif en amidon
- D’une diminution brutale des fibres
- D’un traitement antibiotique
- D’un stress prolongé
Lorsque trop d’amidon arrive dans le cæcum, certaines bactéries produisent de l‘acide lactique en grande quantité. Le pH diminue.
Cette acidification peut:
- Détruire les bactéries utiles à la digestion des fibres
- Endommager la paroi intestinale
- Favoriser l’inflammation
Les conséquences possibles sont :
- Coliques de fermentation
- Diarrhées
- Fourbure secondaire
- Baisse d’état général
Toutes les dysbioses ne provoquent pas immédiatement des signes visibles. Certaines restent modérées mais fragilisent l’équilibre digestif.
Microbiote et système immunitaire
Une partie importante du système immunitaire se situe dans l’intestin.
Le microbiote participe à:
- La maturation des cellules immunitaires
- La régulation des réponses inflammatoires
- La protection contre certains agents pathogènes
Un déséquilibre peut favoriser une inflammation chronique de faible intensité. Les mécanismes précis sont encore étudiés, mais le rôle immunitaire du microbiote est reconnu.
Microbiote et comportement
Chez le cheval, les recherches sur l’axe intestin-cerveau sont encore limitées.
Certaines études suggèrent que:
- Le stress peut modifier la composition du microbiote
- Les altérations microbiennes peuvent influencer l’inflammation
Cependant, les liens directs entre microbiote et comportement restent en cours d’étude. Les données actuelles ne permettent pas d’affirmer une relation causale claire.
Les probiotiques sont-ils nécessaires ?
Les probiotiques contiennent des micro-organismes destinés à soutenir l’équilibre digestif.
Leur efficacité dépend de plusieurs facteurs:
- La capacité à survivre à l’acidité gastrique
- La dose administrée
- L’état initial du microbiote
Les études chez le cheval sont encore limitées et les résultats sont variables.
La base d’un microbiote stable reste avant tout:
- Un apport régulier en fibres longues
- Des transitions alimentaires progressives
- Une limitation des apports excessifs d’amidon
- Une bonne gestion du stress en favorisant un bon environnement pour le cheval
Quels sont les signes possibles d’un microbiote déséquilibré ?
Un déséquilibre du microbiote (dysbiose) ne provoque pas toujours des symptômes immédiats ou spectaculaires.
Dans certains cas les signes sont discrets et progressifs.
1- Troubles digestifs
- Crottins mous ou irréguliers
- Odeur plus forte que d’habitude
- Gaz fréquents
- Sensibilité abdominale
- Coliques à répétition
- Diarrhées intermittentes
2- Perte d’état ou difficulté à maintenir le poids
- Cheval qui maigrit facilement
- Cheval qui manque de musculature
- Énergie irrégulière
3- Baisse de performance ou fatigue inhabituelle
- Récupération plus lente
- Endurance diminuée
- Fatigue inexpliquée
4- Sensibilité accrue aux infections
- Infections respiratoires répétées
- Difficulté à récupérer après une maladie
- Réaction inflammatoires plus marquées
5- Problèmes de peau: association possible
- Dermatites récidivantes
- Démangeaisons chroniques
- Plaques inflammatoires
- Sensibilité accrue aux allergies
6- Changements de comportement
- Irritabilité
- Nervosité accrue
- Hypersensibilité
Point important
Aucun de ces signes ne permet, à lui seul, de diagnostiquer une dysbiose.
Ils doivent être replacés dans un contexte global : alimentation, mode de vie, stress, état de santé général.
Le microbiote est un facteur parmi d’autres, mais il peut jouer un rôle central lorsque plusieurs signes apparaissent simultanément.
Comment préserver l’équilibre du microbiote ?
Principes pratiques:
- Maintenir un accès quasi continu au fourrage
- Introduire toute modification alimentaire sur 10 à 21 jours
- Fractionner les concentrés et privilégier de donner du fourrage avant une ration de concentrés pour une meilleure digestion
- Éviter les variations brutales de ration
- Favoriser le mouvement et limiter le stress social
Le microbiote s’adapte à la ration, mais cette adaptation demande du temps.
Conclusion
Le microbiote intestinal du cheval joue un rôle central dans la digestion des fibres, la production d’énergie et la régulation immunitaire.
Son équilibre dépend principalement de la stabilité alimentaire et du mode de vie. Les déséquilibres peuvent avoir des conséquences digestives et métaboliques importantes.
La compréhension de ces mécanismes permet d’adapter les pratiques alimentaires de manière raisonnée, sans recours systématique à des solutions complémentaires.

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